"Interfaz web al software de alineamiento múltiple de secuencias con metaheuristica multiobjetivo (M2ALIGN)"

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Date
2017
Journal Title
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Publisher
Quevedo: UTEQ
Abstract
El objetivo principal del presente trabajo de investigación es brindar a la comunidad científica una interfaz web de fácil y rápido uso al software optimizador multiobjetivo M2Align para el Alineamiento Múltiple de Secuencias denominado W-M2Align. Entre las principales funcionalidades de la plataforma web están los siguientes parámetros de entrada: Archivo de secuencias: Conjunto de secuencias biológicas sin alinear en formato FASTA. Numero de evaluaciones: El número máximo de evaluaciones del algoritmo. Tamaño población: Tamaño de la población del algoritmo. Email: Para recibir el vínculo con los resultados de la ejecución (Alineamiento múltiple de secuencias y una aproximación al Frente de Pareto). Alineamientos pre-computarizados: MSA's realizadas por otras herramientas heurísticas para generar las soluciones iniciales del algoritmo. Todos los cálculos se realizan en un servidor dedicado con más de 60 núcleos para procesamiento computacional y los usuarios reciben los resultados a través de URL o correo electrónico. Permite realizar un monitoreo de los procesos a través de sus estados (Ejecutándose, Finalizado o Error), así como la posibilidad de descargar los archivos productos de la ejecución. W-M2Align está disponible en http://bioinformatic.uteq.edu.ec/m2align/. Es gratuito y abierto a todos los usuarios y no requiere de inicio de sesión. Palabras clave: Interfaz Web, Alineamiento Múltiple de Secuencias. Optimización MultiObjetivo.
Description
The main objective of this research is provide the scientific community with a web interface for quick and easy use to the multi-objective optimizer software for the Multiple Sequence Alignment (M2Align) called W-M2Align. Among the main functionalities of this web platform are the following input parameters: Sequences File: Set of unaligned biological sequences in FASTA format. Number of Evaluations: The maximum number of algorithm evaluations. Population Size: Size of the population of the algorithm Email: To receive the link with the execution results (Multiple Sequence Alignments and an approximation of the Pareto Front). Pre-computed Alignments: MSA’s performed by others heuristic tools to generate the initial solutions of the algorithm. All calculations are performed by a dedicated web-server with more than 60 cores for computational processing and the users receive the results via URL or email. It allows to perform a monitoring of the processes through its states (Running, Finished or Error), as well as the possibility of downloading the files of the execution. W-M2Align is available at http://bioinformatic.uteq.edu.ec/m2align/. It is free and open to all users and there is no login requirement. Keywords: Web Interface, Multiple Sequence Alignment, MultiObjective Optimization
Keywords
Interfaz web, Alineamiento múltiple de secuencias, Optimización, Multiobjetivo
Citation
Soria Brito, Jefferson Edilberto. (2017). "Interfaz web al software de alineamiento múltiple de secuencias con metaheuristica multiobjetivo (M2ALIGN)". Quevedo. UTEQ 104 p.